食品小經(jīng)營(yíng)店備案證和食品經(jīng)營(yíng)許可證有許多不同：
1、針對(duì)對(duì)象不同。
食品小經(jīng)營(yíng)店備案證是各地針對(duì)“三小”即食品小作坊、小經(jīng)營(yíng)店和小攤點(diǎn)；食品經(jīng)營(yíng)許可證針對(duì)所有食品行業(yè)領(lǐng)域生產(chǎn)經(jīng)營(yíng)活動(dòng)。
2、適用法律法規(guī)不同。
食品小經(jīng)營(yíng)店備案證只適用各地方制定法規(guī)，食品經(jīng)營(yíng)許可證適用《餐飲服務(wù)許可管理辦法》，為法律法規(guī)。
3、扮演身份不同。
小作坊、小經(jīng)營(yíng)店和小攤點(diǎn)基本上無(wú)固定法定地點(diǎn)，多數(shù)為無(wú)工商營(yíng)業(yè)執(zhí)照，食品小經(jīng)營(yíng)店備案證扮演“臨時(shí)身份證”角色；食品經(jīng)營(yíng)許可證只是行業(yè)經(jīng)營(yíng)許可憑證。

法律依據(jù)：
《食品經(jīng)營(yíng)許可管理辦法》 第二條 在中華人民共和國(guó)境內(nèi)，從事食品銷(xiāo)售和餐飲服務(wù)活動(dòng)，應(yīng)當(dāng)依法取得食品經(jīng)營(yíng)許可。
食品經(jīng)營(yíng)許可的申請(qǐng)、受理、審查、決定及其監(jiān)督檢查，適用本辦法。